r-modules: fix git2r, TAQMNGR, and WhopGenome
This commit is contained in:
Peter Simons
parent
de8e1bcb03
commit
eaf728c3d3
@ -198,131 +198,132 @@ let
|
||||
# tweaks for the individual packages and "in self" follow
|
||||
|
||||
packagesWithRDepends = {
|
||||
# sort -t '=' -k 2
|
||||
FactoMineR = [ self.car ];
|
||||
};
|
||||
|
||||
packagesWithNativeBuildInputs = {
|
||||
# sort -t '=' -k 2
|
||||
graphscan = [ pkgs.gsl ];
|
||||
RAppArmor = [ pkgs.apparmor ];
|
||||
BNSP = [ pkgs.gsl ];
|
||||
SOD = [ pkgs.cudatoolkit ]; # requres CL/cl.h
|
||||
curl = [ pkgs.curl pkgs.openldap ];
|
||||
Rssa = [ pkgs.fftw ];
|
||||
fftw = [ pkgs.fftw ];
|
||||
fftwtools = [ pkgs.fftw ];
|
||||
kza = [ pkgs.fftw ];
|
||||
mwaved = [ pkgs.fftw ];
|
||||
spate = [ pkgs.fftw ];
|
||||
chebpol = [ pkgs.fftw ];
|
||||
seewave = [ pkgs.fftw pkgs.libsndfile ];
|
||||
rgeos = [ pkgs.geos ];
|
||||
Rglpk = [ pkgs.glpk ];
|
||||
RCA = [ pkgs.gmp ];
|
||||
gmp = [ pkgs.gmp ];
|
||||
rcdd = [ pkgs.gmp ];
|
||||
Rlibeemd = [ pkgs.gsl ];
|
||||
igraph = [ pkgs.gmp ];
|
||||
glpkAPI = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||
sdcTable = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||
Rmpfr = [ pkgs.gmp pkgs.mpfr ];
|
||||
Formula = [ pkgs.gmp ];
|
||||
abn = [ pkgs.gsl ];
|
||||
adimpro = [ pkgs.imagemagick ];
|
||||
audio = [ pkgs.portaudio ];
|
||||
BayesSAE = [ pkgs.gsl ];
|
||||
BayesVarSel = [ pkgs.gsl ];
|
||||
HiCseg = [ pkgs.gsl ];
|
||||
KFKSDS = [ pkgs.gsl ];
|
||||
R2GUESS = [ pkgs.gsl ];
|
||||
RcppZiggurat = [ pkgs.gsl ];
|
||||
SemiCompRisks = [ pkgs.gsl ];
|
||||
VBLPCM = [ pkgs.gsl ];
|
||||
abn = [ pkgs.gsl ];
|
||||
BayesXsrc = [ pkgs.readline pkgs.ncurses ];
|
||||
bigGP = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
bnpmr = [ pkgs.gsl ];
|
||||
BNSP = [ pkgs.gsl ];
|
||||
cairoDevice = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||
Cairo = [ pkgs.libtiff pkgs.libjpeg pkgs.cairo ];
|
||||
CARramps = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 pkgs.liblapack ];
|
||||
chebpol = [ pkgs.fftw ];
|
||||
cit = [ pkgs.gsl ];
|
||||
curl = [ pkgs.curl pkgs.openldap ];
|
||||
devEMF = [ pkgs.xlibs.libXft ];
|
||||
diversitree = [ pkgs.gsl pkgs.fftw ];
|
||||
EMCluster = [ pkgs.liblapack ];
|
||||
fftw = [ pkgs.fftw ];
|
||||
fftwtools = [ pkgs.fftw ];
|
||||
Formula = [ pkgs.gmp ];
|
||||
geoCount = [ pkgs.gsl ];
|
||||
git2r = [ pkgs.zlib ];
|
||||
glpkAPI = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||
gmp = [ pkgs.gmp ];
|
||||
graphscan = [ pkgs.gsl ];
|
||||
gsl = [ pkgs.gsl ];
|
||||
HiCseg = [ pkgs.gsl ];
|
||||
igraph = [ pkgs.gmp ];
|
||||
JavaGD = [ pkgs.jdk ];
|
||||
jpeg = [ pkgs.libjpeg ];
|
||||
KFKSDS = [ pkgs.gsl ];
|
||||
kza = [ pkgs.fftw ];
|
||||
libamtrack = [ pkgs.gsl ];
|
||||
mixcat = [ pkgs.gsl ];
|
||||
outbreaker = [ pkgs.gsl ];
|
||||
ridge = [ pkgs.gsl ];
|
||||
simplexreg = [ pkgs.gsl ];
|
||||
stsm = [ pkgs.gsl ];
|
||||
survSNP = [ pkgs.gsl ];
|
||||
topicmodels = [ pkgs.gsl ];
|
||||
RcppGSL = [ pkgs.gsl ];
|
||||
bnpmr = [ pkgs.gsl ];
|
||||
V8 = [ pkgs.v8 ];
|
||||
geoCount = [ pkgs.gsl ];
|
||||
devEMF = [ pkgs.xlibs.libXft ];
|
||||
gsl = [ pkgs.gsl ];
|
||||
mvabund = [ pkgs.gsl ];
|
||||
diversitree = [ pkgs.gsl pkgs.fftw ];
|
||||
TKF = [ pkgs.gsl ];
|
||||
VBmix = [ pkgs.gsl pkgs.fftw pkgs.qt4 ];
|
||||
RGtk2 = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||
cairoDevice = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||
adimpro = [ pkgs.imagemagick ];
|
||||
rjags = [ pkgs.jags ];
|
||||
runjags = [ pkgs.jags ];
|
||||
JavaGD = [ pkgs.jdk ];
|
||||
RODBC = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||
RODBCext = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||
jpeg = [ pkgs.libjpeg ];
|
||||
EMCluster = [ pkgs.liblapack ];
|
||||
png = [ pkgs.libpng ];
|
||||
pbdMPI = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
bigGP = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
rtiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||
tiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||
Cairo = [ pkgs.libtiff pkgs.libjpeg pkgs.cairo ];
|
||||
XML = [ pkgs.libtool pkgs.libxml2 pkgs.xmlsec pkgs.libxslt ];
|
||||
rpud = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 ];
|
||||
CARramps = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 pkgs.liblapack ];
|
||||
rgl = [ pkgs.mesa pkgs.x11 ];
|
||||
ncdf = [ pkgs.netcdf ];
|
||||
mwaved = [ pkgs.fftw ];
|
||||
ncdf4 = [ pkgs.netcdf ];
|
||||
pbdNCDF4 = [ pkgs.netcdf ];
|
||||
RNetCDF = [ pkgs.netcdf pkgs.udunits ];
|
||||
ncdf = [ pkgs.netcdf ];
|
||||
nloptr = [ pkgs.nlopt ];
|
||||
npRmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
pbdPROF = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
sprint = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
Rmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
openssl = [ pkgs.openssl ];
|
||||
outbreaker = [ pkgs.gsl ];
|
||||
pbdMPI = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
pbdNCDF4 = [ pkgs.netcdf ];
|
||||
pbdPROF = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
PKI = [ pkgs.openssl ];
|
||||
png = [ pkgs.libpng ];
|
||||
PopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
||||
proj4 = [ pkgs.proj ];
|
||||
qtbase = [ pkgs.qt4 ];
|
||||
qtpaint = [ pkgs.qt4 ];
|
||||
R2GUESS = [ pkgs.gsl ];
|
||||
R2SWF = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||
RAppArmor = [ pkgs.apparmor ];
|
||||
rbamtools = [ pkgs.zlib ];
|
||||
RCA = [ pkgs.gmp ];
|
||||
rcdd = [ pkgs.gmp ];
|
||||
RcppCNPy = [ pkgs.zlib ];
|
||||
RcppGSL = [ pkgs.gsl ];
|
||||
RcppOctave = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.octave ];
|
||||
RcppZiggurat = [ pkgs.gsl ];
|
||||
rgdal = [ pkgs.proj pkgs.gdal ];
|
||||
rgeos = [ pkgs.geos ];
|
||||
rgl = [ pkgs.mesa pkgs.x11 ];
|
||||
Rglpk = [ pkgs.glpk ];
|
||||
RGtk2 = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||
Rhpc = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.openmpi pkgs.pcre ];
|
||||
ridge = [ pkgs.gsl ];
|
||||
RJaCGH = [ pkgs.zlib ];
|
||||
rjags = [ pkgs.jags ];
|
||||
rJava = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.jdk pkgs.libzip ];
|
||||
Rlibeemd = [ pkgs.gsl ];
|
||||
rmatio = [ pkgs.zlib ];
|
||||
Rmpfr = [ pkgs.gmp pkgs.mpfr ];
|
||||
Rmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
RMySQL = [ pkgs.zlib pkgs.mysql ];
|
||||
RNetCDF = [ pkgs.netcdf pkgs.udunits ];
|
||||
RODBCext = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||
RODBC = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||
rpg = [ pkgs.postgresql ];
|
||||
rphast = [ pkgs.pcre pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
||||
Rpoppler = [ pkgs.poppler ];
|
||||
RPostgreSQL = [ pkgs.postgresql ];
|
||||
RProtoBuf = [ pkgs.protobuf ];
|
||||
rpud = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 ];
|
||||
rPython = [ pkgs.python ];
|
||||
RSclient = [ pkgs.openssl ];
|
||||
Rserve = [ pkgs.openssl ];
|
||||
Rpoppler = [ pkgs.poppler ];
|
||||
audio = [ pkgs.portaudio ];
|
||||
rpg = [ pkgs.postgresql ];
|
||||
RPostgreSQL = [ pkgs.postgresql ];
|
||||
ssanv = [ pkgs.proj ];
|
||||
proj4 = [ pkgs.proj ];
|
||||
rgdal = [ pkgs.proj pkgs.gdal ];
|
||||
RProtoBuf = [ pkgs.protobuf ];
|
||||
rPython = [ pkgs.python ];
|
||||
qtpaint = [ pkgs.qt4 ];
|
||||
qtbase = [ pkgs.qt4 ];
|
||||
BayesXsrc = [ pkgs.readline pkgs.ncurses ];
|
||||
udunits2 = [ pkgs.udunits pkgs.expat ];
|
||||
tkrplot = [ pkgs.xlibs.libX11 ];
|
||||
rzmq = [ pkgs.zeromq3 ];
|
||||
PopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
||||
RJaCGH = [ pkgs.zlib ];
|
||||
RcppCNPy = [ pkgs.zlib ];
|
||||
rbamtools = [ pkgs.zlib ];
|
||||
rmatio = [ pkgs.zlib ];
|
||||
RVowpalWabbit = [ pkgs.zlib pkgs.boost ];
|
||||
seqminer = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 ];
|
||||
seqinr = [ pkgs.zlib ];
|
||||
rphast = [ pkgs.pcre pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
||||
Rssa = [ pkgs.fftw ];
|
||||
rtfbs = [ pkgs.zlib pkgs.pcre pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
||||
Rhpc = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.openmpi pkgs.pcre ];
|
||||
rtiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||
runjags = [ pkgs.jags ];
|
||||
RVowpalWabbit = [ pkgs.zlib pkgs.boost ];
|
||||
rzmq = [ pkgs.zeromq3 ];
|
||||
SAVE = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre ];
|
||||
RcppOctave = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.octave ];
|
||||
rJava = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.jdk pkgs.libzip ];
|
||||
R2SWF = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||
sysfonts = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||
sdcTable = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||
seewave = [ pkgs.fftw pkgs.libsndfile ];
|
||||
SemiCompRisks = [ pkgs.gsl ];
|
||||
seqinr = [ pkgs.zlib ];
|
||||
seqminer = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 ];
|
||||
showtext = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.icu pkgs.freetype ];
|
||||
simplexreg = [ pkgs.gsl ];
|
||||
SOD = [ pkgs.cudatoolkit ]; # requres CL/cl.h
|
||||
spate = [ pkgs.fftw ];
|
||||
sprint = [ pkgs.openmpi ];
|
||||
ssanv = [ pkgs.proj ];
|
||||
stsm = [ pkgs.gsl ];
|
||||
survSNP = [ pkgs.gsl ];
|
||||
sysfonts = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||
TAQMNGR = [ pkgs.zlib ];
|
||||
tiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||
TKF = [ pkgs.gsl ];
|
||||
tkrplot = [ pkgs.xlibs.libX11 ];
|
||||
topicmodels = [ pkgs.gsl ];
|
||||
udunits2 = [ pkgs.udunits pkgs.expat ];
|
||||
V8 = [ pkgs.v8 ];
|
||||
VBLPCM = [ pkgs.gsl ];
|
||||
VBmix = [ pkgs.gsl pkgs.fftw pkgs.qt4 ];
|
||||
WhopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
||||
XBRL = [ pkgs.zlib pkgs.libxml2 ];
|
||||
RMySQL = [ pkgs.zlib pkgs.mysql ];
|
||||
XML = [ pkgs.libtool pkgs.libxml2 pkgs.xmlsec pkgs.libxslt ];
|
||||
};
|
||||
|
||||
packagesWithBuildInputs = {
|
||||
@ -847,6 +848,7 @@ let
|
||||
"RAM" # requires Heatplus
|
||||
"RAPIDR" # requires Biostrings, Rsamtools, and GenomicRanges
|
||||
"RbioRXN" # requires fmcsR, and KEGGREST
|
||||
"RcppAPT" # configure script depends on /bin/sh
|
||||
"Rcell" # requires EBImage
|
||||
"RcmdrPlugin_seeg" # requires seeg
|
||||
"Rcplex" # requires cplexAPI
|
||||
|
||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user