r-modules: fix git2r, TAQMNGR, and WhopGenome
This commit is contained in:
Peter Simons
parent
de8e1bcb03
commit
eaf728c3d3
@ -198,131 +198,132 @@ let
|
|||||||
# tweaks for the individual packages and "in self" follow
|
# tweaks for the individual packages and "in self" follow
|
||||||
|
|
||||||
packagesWithRDepends = {
|
packagesWithRDepends = {
|
||||||
# sort -t '=' -k 2
|
|
||||||
FactoMineR = [ self.car ];
|
FactoMineR = [ self.car ];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
packagesWithNativeBuildInputs = {
|
packagesWithNativeBuildInputs = {
|
||||||
# sort -t '=' -k 2
|
abn = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
graphscan = [ pkgs.gsl ];
|
adimpro = [ pkgs.imagemagick ];
|
||||||
RAppArmor = [ pkgs.apparmor ];
|
audio = [ pkgs.portaudio ];
|
||||||
BNSP = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
SOD = [ pkgs.cudatoolkit ]; # requres CL/cl.h
|
|
||||||
curl = [ pkgs.curl pkgs.openldap ];
|
|
||||||
Rssa = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
fftw = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
fftwtools = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
kza = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
mwaved = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
spate = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
chebpol = [ pkgs.fftw ];
|
|
||||||
seewave = [ pkgs.fftw pkgs.libsndfile ];
|
|
||||||
rgeos = [ pkgs.geos ];
|
|
||||||
Rglpk = [ pkgs.glpk ];
|
|
||||||
RCA = [ pkgs.gmp ];
|
|
||||||
gmp = [ pkgs.gmp ];
|
|
||||||
rcdd = [ pkgs.gmp ];
|
|
||||||
Rlibeemd = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
igraph = [ pkgs.gmp ];
|
|
||||||
glpkAPI = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
|
||||||
sdcTable = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
|
||||||
Rmpfr = [ pkgs.gmp pkgs.mpfr ];
|
|
||||||
Formula = [ pkgs.gmp ];
|
|
||||||
BayesSAE = [ pkgs.gsl ];
|
BayesSAE = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
BayesVarSel = [ pkgs.gsl ];
|
BayesVarSel = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
HiCseg = [ pkgs.gsl ];
|
BayesXsrc = [ pkgs.readline pkgs.ncurses ];
|
||||||
KFKSDS = [ pkgs.gsl ];
|
bigGP = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
R2GUESS = [ pkgs.gsl ];
|
bnpmr = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
RcppZiggurat = [ pkgs.gsl ];
|
BNSP = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
SemiCompRisks = [ pkgs.gsl ];
|
cairoDevice = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||||
VBLPCM = [ pkgs.gsl ];
|
Cairo = [ pkgs.libtiff pkgs.libjpeg pkgs.cairo ];
|
||||||
abn = [ pkgs.gsl ];
|
CARramps = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 pkgs.liblapack ];
|
||||||
|
chebpol = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
cit = [ pkgs.gsl ];
|
cit = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
curl = [ pkgs.curl pkgs.openldap ];
|
||||||
|
devEMF = [ pkgs.xlibs.libXft ];
|
||||||
|
diversitree = [ pkgs.gsl pkgs.fftw ];
|
||||||
|
EMCluster = [ pkgs.liblapack ];
|
||||||
|
fftw = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
|
fftwtools = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
|
Formula = [ pkgs.gmp ];
|
||||||
|
geoCount = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
git2r = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
glpkAPI = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||||
|
gmp = [ pkgs.gmp ];
|
||||||
|
graphscan = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
gsl = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
HiCseg = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
igraph = [ pkgs.gmp ];
|
||||||
|
JavaGD = [ pkgs.jdk ];
|
||||||
|
jpeg = [ pkgs.libjpeg ];
|
||||||
|
KFKSDS = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
kza = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
libamtrack = [ pkgs.gsl ];
|
libamtrack = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
mixcat = [ pkgs.gsl ];
|
mixcat = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
outbreaker = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
ridge = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
simplexreg = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
stsm = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
survSNP = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
topicmodels = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
RcppGSL = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
bnpmr = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
V8 = [ pkgs.v8 ];
|
|
||||||
geoCount = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
devEMF = [ pkgs.xlibs.libXft ];
|
|
||||||
gsl = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
mvabund = [ pkgs.gsl ];
|
mvabund = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
diversitree = [ pkgs.gsl pkgs.fftw ];
|
mwaved = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
TKF = [ pkgs.gsl ];
|
|
||||||
VBmix = [ pkgs.gsl pkgs.fftw pkgs.qt4 ];
|
|
||||||
RGtk2 = [ pkgs.gtk2 ];
|
|
||||||
cairoDevice = [ pkgs.gtk2 ];
|
|
||||||
adimpro = [ pkgs.imagemagick ];
|
|
||||||
rjags = [ pkgs.jags ];
|
|
||||||
runjags = [ pkgs.jags ];
|
|
||||||
JavaGD = [ pkgs.jdk ];
|
|
||||||
RODBC = [ pkgs.libiodbc ];
|
|
||||||
RODBCext = [ pkgs.libiodbc ];
|
|
||||||
jpeg = [ pkgs.libjpeg ];
|
|
||||||
EMCluster = [ pkgs.liblapack ];
|
|
||||||
png = [ pkgs.libpng ];
|
|
||||||
pbdMPI = [ pkgs.openmpi ];
|
|
||||||
bigGP = [ pkgs.openmpi ];
|
|
||||||
rtiff = [ pkgs.libtiff ];
|
|
||||||
tiff = [ pkgs.libtiff ];
|
|
||||||
Cairo = [ pkgs.libtiff pkgs.libjpeg pkgs.cairo ];
|
|
||||||
XML = [ pkgs.libtool pkgs.libxml2 pkgs.xmlsec pkgs.libxslt ];
|
|
||||||
rpud = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 ];
|
|
||||||
CARramps = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 pkgs.liblapack ];
|
|
||||||
rgl = [ pkgs.mesa pkgs.x11 ];
|
|
||||||
ncdf = [ pkgs.netcdf ];
|
|
||||||
ncdf4 = [ pkgs.netcdf ];
|
ncdf4 = [ pkgs.netcdf ];
|
||||||
pbdNCDF4 = [ pkgs.netcdf ];
|
ncdf = [ pkgs.netcdf ];
|
||||||
RNetCDF = [ pkgs.netcdf pkgs.udunits ];
|
|
||||||
nloptr = [ pkgs.nlopt ];
|
nloptr = [ pkgs.nlopt ];
|
||||||
npRmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
npRmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
pbdPROF = [ pkgs.openmpi ];
|
|
||||||
sprint = [ pkgs.openmpi ];
|
|
||||||
Rmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
|
||||||
openssl = [ pkgs.openssl ];
|
openssl = [ pkgs.openssl ];
|
||||||
|
outbreaker = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
pbdMPI = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
|
pbdNCDF4 = [ pkgs.netcdf ];
|
||||||
|
pbdPROF = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
PKI = [ pkgs.openssl ];
|
PKI = [ pkgs.openssl ];
|
||||||
|
png = [ pkgs.libpng ];
|
||||||
|
PopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
proj4 = [ pkgs.proj ];
|
||||||
|
qtbase = [ pkgs.qt4 ];
|
||||||
|
qtpaint = [ pkgs.qt4 ];
|
||||||
|
R2GUESS = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
R2SWF = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||||
|
RAppArmor = [ pkgs.apparmor ];
|
||||||
|
rbamtools = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
RCA = [ pkgs.gmp ];
|
||||||
|
rcdd = [ pkgs.gmp ];
|
||||||
|
RcppCNPy = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
RcppGSL = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
RcppOctave = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.octave ];
|
||||||
|
RcppZiggurat = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
rgdal = [ pkgs.proj pkgs.gdal ];
|
||||||
|
rgeos = [ pkgs.geos ];
|
||||||
|
rgl = [ pkgs.mesa pkgs.x11 ];
|
||||||
|
Rglpk = [ pkgs.glpk ];
|
||||||
|
RGtk2 = [ pkgs.gtk2 ];
|
||||||
|
Rhpc = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.openmpi pkgs.pcre ];
|
||||||
|
ridge = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
RJaCGH = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
rjags = [ pkgs.jags ];
|
||||||
|
rJava = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.jdk pkgs.libzip ];
|
||||||
|
Rlibeemd = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
rmatio = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
Rmpfr = [ pkgs.gmp pkgs.mpfr ];
|
||||||
|
Rmpi = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
|
RMySQL = [ pkgs.zlib pkgs.mysql ];
|
||||||
|
RNetCDF = [ pkgs.netcdf pkgs.udunits ];
|
||||||
|
RODBCext = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||||
|
RODBC = [ pkgs.libiodbc ];
|
||||||
|
rpg = [ pkgs.postgresql ];
|
||||||
|
rphast = [ pkgs.pcre pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
||||||
|
Rpoppler = [ pkgs.poppler ];
|
||||||
|
RPostgreSQL = [ pkgs.postgresql ];
|
||||||
|
RProtoBuf = [ pkgs.protobuf ];
|
||||||
|
rpud = [ pkgs.linuxPackages.nvidia_x11 ];
|
||||||
|
rPython = [ pkgs.python ];
|
||||||
RSclient = [ pkgs.openssl ];
|
RSclient = [ pkgs.openssl ];
|
||||||
Rserve = [ pkgs.openssl ];
|
Rserve = [ pkgs.openssl ];
|
||||||
Rpoppler = [ pkgs.poppler ];
|
Rssa = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
audio = [ pkgs.portaudio ];
|
|
||||||
rpg = [ pkgs.postgresql ];
|
|
||||||
RPostgreSQL = [ pkgs.postgresql ];
|
|
||||||
ssanv = [ pkgs.proj ];
|
|
||||||
proj4 = [ pkgs.proj ];
|
|
||||||
rgdal = [ pkgs.proj pkgs.gdal ];
|
|
||||||
RProtoBuf = [ pkgs.protobuf ];
|
|
||||||
rPython = [ pkgs.python ];
|
|
||||||
qtpaint = [ pkgs.qt4 ];
|
|
||||||
qtbase = [ pkgs.qt4 ];
|
|
||||||
BayesXsrc = [ pkgs.readline pkgs.ncurses ];
|
|
||||||
udunits2 = [ pkgs.udunits pkgs.expat ];
|
|
||||||
tkrplot = [ pkgs.xlibs.libX11 ];
|
|
||||||
rzmq = [ pkgs.zeromq3 ];
|
|
||||||
PopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
RJaCGH = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
RcppCNPy = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
rbamtools = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
rmatio = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
RVowpalWabbit = [ pkgs.zlib pkgs.boost ];
|
|
||||||
seqminer = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 ];
|
|
||||||
seqinr = [ pkgs.zlib ];
|
|
||||||
rphast = [ pkgs.pcre pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
|
||||||
rtfbs = [ pkgs.zlib pkgs.pcre pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
rtfbs = [ pkgs.zlib pkgs.pcre pkgs.bzip2 pkgs.gzip pkgs.readline ];
|
||||||
Rhpc = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.openmpi pkgs.pcre ];
|
rtiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||||
|
runjags = [ pkgs.jags ];
|
||||||
|
RVowpalWabbit = [ pkgs.zlib pkgs.boost ];
|
||||||
|
rzmq = [ pkgs.zeromq3 ];
|
||||||
SAVE = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre ];
|
SAVE = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre ];
|
||||||
RcppOctave = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.octave ];
|
sdcTable = [ pkgs.gmp pkgs.glpk ];
|
||||||
rJava = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 pkgs.icu pkgs.lzma pkgs.pcre pkgs.jdk pkgs.libzip ];
|
seewave = [ pkgs.fftw pkgs.libsndfile ];
|
||||||
R2SWF = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
SemiCompRisks = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
sysfonts = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
seqinr = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
seqminer = [ pkgs.zlib pkgs.bzip2 ];
|
||||||
showtext = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.icu pkgs.freetype ];
|
showtext = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.icu pkgs.freetype ];
|
||||||
|
simplexreg = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
SOD = [ pkgs.cudatoolkit ]; # requres CL/cl.h
|
||||||
|
spate = [ pkgs.fftw ];
|
||||||
|
sprint = [ pkgs.openmpi ];
|
||||||
|
ssanv = [ pkgs.proj ];
|
||||||
|
stsm = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
survSNP = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
sysfonts = [ pkgs.zlib pkgs.libpng pkgs.freetype ];
|
||||||
|
TAQMNGR = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
|
tiff = [ pkgs.libtiff ];
|
||||||
|
TKF = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
tkrplot = [ pkgs.xlibs.libX11 ];
|
||||||
|
topicmodels = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
udunits2 = [ pkgs.udunits pkgs.expat ];
|
||||||
|
V8 = [ pkgs.v8 ];
|
||||||
|
VBLPCM = [ pkgs.gsl ];
|
||||||
|
VBmix = [ pkgs.gsl pkgs.fftw pkgs.qt4 ];
|
||||||
|
WhopGenome = [ pkgs.zlib ];
|
||||||
XBRL = [ pkgs.zlib pkgs.libxml2 ];
|
XBRL = [ pkgs.zlib pkgs.libxml2 ];
|
||||||
RMySQL = [ pkgs.zlib pkgs.mysql ];
|
XML = [ pkgs.libtool pkgs.libxml2 pkgs.xmlsec pkgs.libxslt ];
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
packagesWithBuildInputs = {
|
packagesWithBuildInputs = {
|
||||||
@ -847,6 +848,7 @@ let
|
|||||||
"RAM" # requires Heatplus
|
"RAM" # requires Heatplus
|
||||||
"RAPIDR" # requires Biostrings, Rsamtools, and GenomicRanges
|
"RAPIDR" # requires Biostrings, Rsamtools, and GenomicRanges
|
||||||
"RbioRXN" # requires fmcsR, and KEGGREST
|
"RbioRXN" # requires fmcsR, and KEGGREST
|
||||||
|
"RcppAPT" # configure script depends on /bin/sh
|
||||||
"Rcell" # requires EBImage
|
"Rcell" # requires EBImage
|
||||||
"RcmdrPlugin_seeg" # requires seeg
|
"RcmdrPlugin_seeg" # requires seeg
|
||||||
"Rcplex" # requires cplexAPI
|
"Rcplex" # requires cplexAPI
|
||||||
|
|||||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user